В МИС "ITworks: Медицина" предусмотрены собственные механизмы учета сертификатов ЭП сотрудников. Перед использованием сертификата он предварительно регистрируется в МИС с привязкой к конкретному пользователю. Благодаря этому система может автомтаически отслеживать сроки действия выданных пользователю сертификатов, а также разграничивать доступ к ним.