Разработка МИС для конечного учреждения происходит по принципу "от общего к частному". Для каждого региона разрабатывается и поддерживается собственная модификация МИС, на базе которой, в свою очередь, разрабатываются медицинские системы конкретного МО.
Для МО одного профиля или схожей специфики может быть разработана специальная конфигурация МИС, на базе которой будут реализовываться внедрения в отдельные МО внутри ведомства или региона.